真空冷冻干燥机和普通干燥方法（如晒干、风干、高温烘干、喷雾干燥）通常都在0℃以上或更高的温度下进行。干燥所得的产品一般都存在体积缩小、质地变硬的问题，易挥发的成分大部分会损失掉，一些热敏性的物质发生变性、失活，有些物质甚至发生了氧化。因此，干燥后的产品与干燥前相比，在性状上有很大的差别。
从哲学上讲，优缺同在，一切皆是相对的。真空冷冻干燥机相对普通干燥方法，低温冻干法具有如下优点：
1、许多热敏性的物质不会发生变性或失活。
2、在低温下干燥时，物质中的一些挥发性成分损失很小。
3、在冻干过程中，微生物的生长和酶的作用无法进行，因此能保持原来的性状。
4、由于在冻结的状态下进行干燥，因此体积几乎不变，保持了原来的结构，不会发生浓缩现象。
5、由于物料中水分在预冻以后以冰晶的形态存在，原来溶于水中的无机盐类溶解物质被均匀地分配在物料之中。升华时，溶于水中的溶解物质就析出，避免了一般干燥方法中因物料内部水分向表面迁移所携带的无机盐在表面析出而造成表面硬化的现象。
6、干燥后的物质疏松多孔，呈海绵状，加水后溶解迅速而*，几乎立即恢复原来的性状。
7、由于干燥在真空下进行，氧气极少，因此一些易氧化的物质得到了保护。
8、干燥能排除95%～99%以上的水分，使干燥后产品能长期保存而不致变质。
